- 死神代行篇：霊感が強い高校生・黒崎一護は、悪霊退治に来た死神・朽木ルキアと出会う。家族が虚と呼ばれる悪霊に襲われたことで、ルキアから死神の力を分け与えられ、死神代行として虚と戦うことになる。しかし、ルキアは死神の力を人間に渡した罪で尸魂界に連行され、一護は仲間と共にルキアを救出するために尸魂界へ潜入する。
- 尸魂界篇：尸魂界での激闘を終えた一護は、死神代行として正式に任命される。そんな彼の元に、死神と虚の領域に足を踏み入れた者・仮面の軍勢が現れる。そして、藍染惣右介という死神が裏切り、虚の住む虚園へと逃げる。一護は仲間と共に虚園へと向かい、藍染との決戦に臨む。
- 死神代行消失篇：藍染との戦いで死神の力を失った一護は、普通の高校生に戻る。しかし、新たな敵・滅却師が現れ、一護の仲間たちを狙う。一護は死神の力を取り戻すために、滅却師の本拠地・霊王宮へと向かう。
- 千年血戦篇：滅却師との戦いを終えた一護は、平穏な日々を送る。しかし、尸魂界に突如現れた謎の敵・ユーハバッハとその配下・見えざる帝国によって、尸魂界は壊滅的な被害を受ける。一護は仲間と共にユーハバッハとの最終決戦に挑む。
