- 世界は噛んだ人間をウイルス感染させ同族に変える怪物・カバネに覆い尽くされていた。日本では、駅と呼ばれる砦を駿城という装甲蒸気機関車で往来するというカバネから隔離された堅牢なインフラを整備することで生活が保たれていた。
- 製鉄および蒸気機関生産の行われる顕金駅では、かつてカバネによって妹を殺された少年・生駒が、独自の対カバネ武器・ツラヌキ筒やカバネウイルスの脳への侵食を止める器具など、カバネに対抗すべく独自に研究を行っていた。
- ある日、不思議な少女・無名を乗せた駿城の一つ・甲鉄城が、将軍家のある幕府最大の要害・金剛郭に向かう途中立ち寄ってくる。同日、カバネに乗っ取られた別の駿城が突入し、顕金駅は放棄されることとなる。
- そんな中、生駒はカバネに対抗するも噛まれ、自作の器具を用いてウイルス侵食を止めるも、体はカバネながらも理性と人格を保った存在・カバネリと化する。その際に黄土色だった髪の前髪の一部が白髪になった。
- 当主を含めた多くの犠牲の果てに、駅の住民は甲鉄城に避難する。生駒は自身の身に起きた変化にショックを受けながらも、同じカバネリであった無名とともに彼らに同行し、カバネからの脱出行が始まった。
- 道中、ワザトリや黒煙りなどのカバネ襲撃を経て生駒と無名は皆に受け入れられるようになる。磐戸駅で美馬率いる狩方衆と合流し、美馬との交渉により金剛郭に向かうまで甲鉄城を克城と連結し行動することになる。
- しかし、狩方衆による行動に生駒や菖蒲をはじめとした甲鉄城の人は不信感を募らせていく。美馬を慕っていた無名も、やがて美馬に騙されていたことに気付き、無名や甲鉄城の人間は美馬の計画のために狩方衆に捕えられる。
- そして、狩方衆による倒幕が始まった。
