- 三門市という街に突如現れた、異次元からの「門（ゲート）」。そこを潜り抜け、異次元の侵略者「近界民（ネイバー）」が周囲の街に襲いかかった。未知なる力を持ち、地球上の武器が効かない彼らに成す術もなく蹂躙されようとしたそのとき、「ボーダー」を名乗る組織が現れる。「こいつらのことは任せてほしい」と近界民たちを一掃した彼らは、その後界境防衛機関として組織を築き、近界民から街の平和を守り続けることになる。
- それから数年後のある日、ボーダーの末端に所属する三雲修（みくも おさむ）の元に不思議な少年が現れる。近界民を名乗るも悪意の見えない空閑遊真（くが ゆうま）との出会いは、世界に何をもたらすのか。人口28万人を抱える三門市に突如現れた、異次元からの「門（ゲート）」。そこを潜り抜け、異次元の侵略者「近界民（ネイバー）」が周囲の街に襲いかかった。未知なる力を持ち、地球上の武器が効かない彼らに成す術もなく蹂躙されようとしたそのとき、「ボーダー」を名乗る組織が現れる。「こいつらのことは任せてほしい」と近界民たちを一掃した彼らは、その後界境防衛機関として組織を築き、近界民から街の平和を守り続けることになる。
- それから数年後のある日、ボーダーの末端に所属する三雲修（みくも おさむ）の元に不思議な少年が現れる。近界民を名乗るも悪意の見えない空閑遊真（くが ゆうま）との出会いは、世界に何をもたらすのか。三雲修と謎の少年空閑遊真と雨取千佳（あまとり ちか）という女の子の３人でチームを結成しボーダーに入隊。様々な困難に立ち向かいながらも、近界民にさらわれたであろう雨取千佳の兄を助けるという目的を果たすべく戦っていきます。
