主人公は、ブリタニア帝国の皇子であるルルーシュ・ヴィ・ブリタニアです。ルルーシュは、母親が暗殺された事件の真相を探るために日本に亡命し、学園生活を送っていました。ある日、ブリタニア軍が追う謎の少女・C.C.と出会い、ギアスと呼ばれる「人を一度だけ操る力」を授かります。ルルーシュは、この力を使ってブリタニア帝国に反逆し、母の仇を討つことを決意します。ルルーシュは、仮面を被って「ゼロ」と名乗り、日本人のレジスタンス「黒の騎士団」を率いてブリタニア軍と戦っていきます。ルルーシュは、自分の正体を隠しながら、ブリタニアの皇族や軍人と対峙し、世界の秘密や自分の運命にも直面していきます。
